home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00309 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  39 lines
  1. **********************************
  2. * Ribosomal protein L5 signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein  L5 is one of the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. In Escherichia coli, L5 is known to be involved in binding 5S RNA to the large
  7. ribosomal subunit. It belongs to a family of ribosomal proteins  which, on the
  8. basis of sequence similarities [1,2,3,4], groups:
  9.  
  10.  - Eubacterial L5.
  11.  - Archaebacterial L5.
  12.  - Algal chloroplast L5.
  13.  - Cyanelle L5.
  14.  - Slime mold L5 (V18).
  15.  - Mammalian L11.
  16.  - Tetrahymena thermophila L21.
  17.  - Yeast L16 (39A).
  18.  - Plants mitochondrial L5.
  19.  
  20. L5 is a protein of  about 180 amino-acid residues. As a  signature pattern, we
  21. have selected  a  conserved  region,  located  in  the  first  third  of these
  22. proteins.
  23.  
  24. -Consensus pattern: [LIVM]-x(2)-[LIVM]-[STAC]-G-Q-x(2)-[LIVMA]-x-[STC]-x-
  25.                     [STA]-[KR]-x-[STA]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  27.  for Oenothera bertiana mitochondrial L5.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29. -Last update: June 1994 / Text revised.
  30.  
  31. [ 1] Hatakeyama T., Hatakeyama T.
  32.      Biochim. Biophys. Acta 1039:343-347(1990).
  33. [ 2] Rosendahl G., Andreasen P.H., Kristiansen K.
  34.      Gene 98:161-167(1991).
  35. [ 3] Yang D., Gunther I., Matheson A.T., Auer J., Spicker G., Boeck A.
  36.      Biochimie 73:679-682(1991).
  37. [ 4] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K., Suzuki K.
  38.      Protein Seq. Data Anal. 5:301-313(1993).
  39.